年5月下旬，中共河南省委根据中共中央关于“武装民众，准备发动游击战争”的指示，委派省委组织部部长吴芝圃任中共豫东特委书记，赴杞县领导豫东各县党组织，宣传党的抗日政策，组织抗日武装，建立抗日根据地。
6月初，日本侵略军的魔爪伸进了豫东睢县、杞县、太康、开封等地。6月9日，蒋介石以阻止日军进攻为名，指令国民党军队蒋再珍部在花园口炸开黄河大堤，黄河水经中牟夺贾鲁河南下入淮，豫东17县成了一片泽国。新黄河以东，日伪称“豫东”，国民党称“泛东”。为加以区别，我党称为“水东地区”，在这里创建的抗日根据地称之为“水东抗日根据地”。
年6月，豫东大地沦陷。7月，中共豫东特委在睢县、杞县交界处的傅集召开抗日军民大会，宣布整编党在豫东领导抗日武装，成立豫东抗日游击第三支队，吴芝圃任司令。当年10月，吴芝圃奉命率豫东抗日游击队与彭雪枫率领的新四军游击支队会师，东进开辟豫皖苏边区。之后，留在水东的党员又组建了中共睢杞太特委，年4月改为“中共水东地委”，并建立了“新四军水东独立团”。年秋，在杞南建立水东联防办事处，作为地区级的抗日民主政权。年年底前，水东抗日根据地归豫皖苏边区领导，以后划归冀鲁豫边区。区域西边起新黄河、北至陇海铁路、东至商丘、南到淮阳，以睢（县）、杞（县）、太（康县）为中心，辖杞县和睢县、通许、太康、陈留、开封、民权、兰封、宁陵、淮阳、商丘、柘城、西华等县的全部或部分地区。年8月，在中共水东地委、水东联防办事处、水东军分区的领导下，建立了芝圃县、达生县、庆华县、克威县和淮太西等抗日民主政府和县大队，发展成为巩固的抗日根据地。
这块革命根据地，自年4月开辟，经历抗日战争、解放战争直到全国解放，坚持红旗不倒并不断发展壮大，具有十分重要的战略地位。为创建和巩固发展这个根据地，仅在八年抗日战争中，水东抗日将士就先后有多人献出了宝贵的生命。一批党的优秀领导干部也先后牺牲在这里，留下了许多可歌可泣的英勇事迹。在革命斗争中，还培养出了大批优秀干部，为全国人民的解放事业作出了重大的贡献。