杞县县府衙门位于县城中央，始建年代失考。宋哲宗元祐七年(年)壬申，时四大书法家之一米芾任雍丘县，曾和苏轼在雍丘府衙饮酒赋诗，对书三百纸，传为佳话，元太宗六年(年),黄河决口，县衙被黄河水冲毁。守将张柔于故城(今杞县城)北1千米河水北岸另筑新城作为县治，称张柔城，元世祖至元年间被大火焚毁。之后又新建张柔城。
元武宗至大末年，黄河决口于张柔城西南角，张柔城因此荡然无存。于是又重修南故城。知县王玙，李德恭相继加以修缮，元顺帝至正末年，南城毁于兵火。
明朝洪武三年(年),知县曹以崇开始修建县府衙门，明宣宗宣德三年(年),知县舒谟增加了一些设施。明宪宗成化五年(年),知县张俊予以改建，规模更加宏大宽阔。明武宗正德元年尚文；明世宗嘉靖二十五年(年),知县蔡时雍；明神宗万历八年(年),知县苗朝阳：明神宗万历十七年(年),知县徐梦麟，对县府衙门都有所增建，使县府衙门更加壮丽。其中杨椮改建忠爱堂5楹轩，宽阔而有飞动之态，忠爱堂东侧廊檐下为幕府厅，西侧是高高耸立的册库，前面是宽大的露天台榭，四周围以栏杆。露天台榭的东，西两侧是长廊，各有7间房屋，是县胥吏办公之处。两廊的南边，各有一条小狭路，由小狭路可以到三班衙役的房舍。东廊的南边，从矮墙走过去，是土神祠和皋公祠。西廊的南边，是县衙监狱，圆形土墙周围布满荆棘。忠爱堂前面正中有一小亭，用以遮盖戒石。戒石南面数十步处是雄伟直立的仪门。仪门的左右两边，是低而小的门，供平民出入：门的外面，两个小碑亭相对拱立。小亭东侧建房屋3间，名“客室”。小亭南面，左右各有5间房舍，是征收赋税之处。又有3间门朝南的房舍，是寅宾馆。小亭的西面是侧大门，其模样像城郭的重门，侧大门上建一重楼，名抚辰楼。抚辰楼基础高2丈，设7根立柱，雄伟而壮丽，可俯视全城。内设钟鼓、铜漏，用以打更司辰、侧大门外，左边的房舍称旌善，右边的房舍瘅恶。小亭的前面是申明亭，位于屏风墙之外。
忠爱堂后面是退思厅。退思厅亦有5根立柱，但规模却低一个档次。退思亭东边有一座楼最高，名库楼。库楼北面是銮驾楼，南边是库夫房。库夫房西面是书斋，其结构新奇工整。书斋南边是内库，这些建筑自成院落，各自有院墙和大门。内裤西边有一小型房间，是更夫居住的地方。
退思厅北边是知县住宅，房5间。高于其他房子的是新宅，新宅后面是旧宅，慢慢变得低洼，旧宅东面为县丞宅，西面是主簿宅。县丞宅南面是典史宅，主簿宅西边是公塾(学校)。公塾南面是关王庙。关王庙南，高亢的地方是马王庙。
清康熙十四年(年),知县涂山崑对县衙进行大规模修建，组织工匠采用优质建材历时半年落成。抚辰楼尤其引人注目。梓树木材，雕梁画栋，比大修前更加美观，一时称为杰构。康熙二十二年(年),知县龙可旌重修碑亭2座。康熙二十六年(年),知县徐开锡重修忠爱堂前应并仪门内外甬道，傍植槐树30余株。又在丞厅西侧重建马神庙。乾隆二年(年),戒碑坏，知县王履仁移碑皋公祠。乾隆八年(年),知县王之卫在旧址改建木坊，上书碑铭，下通车马