咸丰三年五月六日（年6月12日），太平军林凤翔、李开芳、吉文元率军2万人，由皖北挺进中原。这支队伍按照“师行间道，疾驱燕都，无贪攻城夺地”的战略方针，本打算迅速出击渡黄河北伐，但在河南境内，却因清军抵抗，沿途截击，加上黄河天险，导致太平军不得不沿南岸西行绕远寻找机会渡河。
这是一场孤军深入的奔袭战，黄河成了阻断其北上的一道天堑。这时的黄河下游是由开封、兰考、归德一线经淮河入海的，而太平军首选的渡河之地归德府（今商丘市）的对面则是山东的曹县和单县两地。
太平军的行动，引起了清政府的恐慌，调兵遣将沿途阻截。五月七日（6月13日），河南巡抚陆应谷从归德府带兵至商丘县宋家集（今商丘市睢阳区宋集镇）布防，两军交战，陆应谷溃败，后归德城陷落。次日，陆应谷意图夺回归德城，复败。得胜后的太平军计划由此刘家口（今商丘市梁园区刘口镇）渡黄河，但河对岸已被山东巡抚李惠布防完成，大小船只都被征集至北岸。
无法得船的太平军只得由此循河西进，寻机渡河。
五月九日（6月15日），太平军再克宁陵县，攻占睢州（今睢县）。转而进入开封府境内，夺取杞县、兰仪县（今兰考县）、陈留县（今开封市祥符区陈留镇）。
五月十三日（6月19日），太平军兵临开封府城，但因守备森严，天降大雨，无法轰城，遂西进移兵朱仙镇。因开封府东西两侧的渡口船只都被清朝官府收泊到北岸，太平军只好绕过开封继续西进。先后攻陷中牟、郑州。
五月十八日（6月24日），太平军攻克荥阳。
五月十九日（6月25日），太平军西进至汜水县（今荥阳市汜水镇），打算由此北上渡河。五月二十日（6月26日），太平军由虎牢关入巩县（今巩义市）境，占领巩县城。
此前的河南巡抚陆应谷已被革职留任，根据他在咸丰三年五月二十六日（7月2日）的奏折中描述，太平军于五月二十一日（6月27日）在汜水县小口曾“先令数百人骑皮水羊过河，抢取北岸船只”。后在其另一份奏折中，又称“今该逆已由汜水窜入巩县，……贼在巩县赵庄等处抢获船只，纷纷行驶，巩其北窜怀庆、卫辉，抑或顺流而下”。
五月二十二日（6月28日），在道士周元良引导下，清军西陵阿、托明阿等部马队经旋门坂（旋门关，今荥阳市高山镇穆沟站附近）追至汜水，阻止太平军渡黄河。
在托明阿的奏报中称“现据查探汜水县西北土山后，尚有贼营数处，傍岸并有船筏百余只，尚未进行烧毁，贼众奔突靡定，一经逾河而北，则山陕等省随处皆形吃紧”。
在托明阿、西陵阿的另一份奏报中称，其“于二十五日追至汜水县城，兵分三路进攻，……经我兵奋击，毙贼三百余名，贼势穷迫，争上船只，适西北风大作，船不能开，我兵枪炮齐施，杀毙殆尽，落水者不计其数，烧毁逆船十三只……”
这期间，太平军在巩县、汜水之间一面抢渡，一面阻击清军。由于太平军人多船少，渡河缓慢，经过激战，至五月二十八日（7月4日），太平军大部由巩县乘坐运煤小艇成功渡过黄河，随后占领温县，进攻怀庆府（今河南沁阳），因知府余炳焘浴血阻击，相持不下，太平军不得已撤围取道济源进入山西。
而早先余下的未渡河者有三四千人，其后则辗转南下，归入西征太平军。
北伐太平军在河南境内活动路线（本文原创作者：史说新传，部分图片源自网络）